La fondazione della città nel corso del VI sec. a.C. rientra nel generale riassetto economico e politico dell’intera Etruria padana, fortemente incentrato sullo sfruttamento della Valle del Reno come via commerciale tra i centri transappenninici e gli snodi di Marzabotto (Kainua) e Bologna (Felsina). La scelta del sito fu sicuramente determinata dalle condizioni favorevoli che offriva il pianoro; collocato in prossimità del fiume Reno e circondato da colline, un luogo in cui l’approvvigionamento idrico era garantito dalla presenza di una ricca falda d’acqua a limitata profondità.
Le tracce riferibili alle prime fasi di vita della città (corrispondenti al VI sec. a.C) risultano piuttosto scarse sul piano monumentale; il pianoro venne inizialmente occupato da un insediamento collocabile cronologicamente nella prima metà del VI sec. a.C. (Fase I) ed attestato esclusivamente da alcuni nuclei di materiali.
Nella seconda metà del secolo (Fase II) sembrano potersi collocare le tracce di un abitato con una compiuta organizzazione e grandi potenzialità economico-commerciali; lo dimostrano i resti di edifici domestici, santuariali ed impianti artigianali oltre ai materiali rinvenuti in questi contesti, testimoni dell’elevato livello culturale della comunità etrusca stanziata sul pianoro.
Tra la fine del VI e gli inizi del V sec. a.C. (Fase III) la città viene rifondata (Kainua la “nuova”), mediante un atto rituale che risistemò urbanisticamente il precedente impianto dandogli un assetto definitivo e più rispondente ai principi della fondazione Etrusco ritu. Venne così istituito un impianto urbano pianificato che richiamava le coeve esperienze di tipo ellenico, ma che nella rigorosa orientazione dell’abitato secondo i punti cardinali rifletteva quelle norme di carattere cosmologico e rituale che nelle città fondate dagli etruschi determinano la geometria dello spazio urbano. Proprio questa risulta la fase meglio documentata sia sul piano monumentale che su quello dei materiali archeologici e pertanto la meglio nota sotto il profilo archeologico.
Agli inizi del IV sec. a.C. la calata dei Celti determinò la fine della città etrusca. In seguito all’occupazione da parte di un nucleo di popolazione gallica, la città venne perse la propria identità urbana, divenendo una sorta di avamposto militare. Intorno al II sec. a.C., con la romanizzazione dell’area, i tradizionali percorsi appenninici vennero abbandonati a favore di una più agevole via di collegamento realizzata più ad oriente (Via Flaminia Minor). L’area su cui sorgeva la città etrusca risultò pertanto esclusa dai principali transiti viari e fu occupata solo da una piccola villa rustica romana, impiantata ai margini della città antica.
Il nome etrusco della città (Kainua) è stato recentemente dedotto grazie al fortunato rinvenimento di un fondo di coppa recante l'iscrizione: kainuaϑi. La desinenza -ϑi della parola indica che il termine è declinato al caso locativo, al fine di indicare il nome di un luogo (kainua appunto) che è stato riconosciuto come il nome etrusco della città. La terminazione -ua della parola avvicina questo termine ad altri poleonimi (nomi di città n.d.r.) etruschi come Mantua, Genua, Addua, Padua e Berua. La radice kain- della parola sembrerebbe poi avvicinabile all’aggettivo greco kaniòs/kainòn, che significa “nuovo”. Il nome Kainua verrebbe così a significare “la nuova”, con specifico riferimento alla città rifondata tra la fine del VI e gli inizi del V sec. a.C. Questa a prassi trova diversi confronti nel mondo antico tra cui il più noto è sicuramente il toponimo di Napoli, dal greco nea (nuova) polis (città), ovvero città nuova.
Nonostante i progressivi e costanti fenomeni di erosione fluviale abbiano determinato la distruzione del settore meridionale della città, l’impianto urbano risulta tutt’ora chiaramente riconoscibile. Ad uno sguardo d’insieme emerge l’esistenza di un vero e proprio piano urbanistico, elaborato teoricamente e applicato concretamente sul terreno al momento della rifondazione della città. Questo risulta imperniato su quattro principali assi stradali larghi 15 metri (chiamate plateia A, B, C e D), che incrociandosi ortogonalmente suddividono l’area dell’abitato in 8 porzioni definite regiones. Queste risultano poi ulteriormente ripartite in isolati (insulae) da una rete di strade minori di larghezza 5 metri; all’esterno dell’area abitativa si trovano poi l’acropoli, dislocata su una piccola altura a nord-ovest e due necropoli, a nord ed est dell’abitato.
Se dunque l’aspetto dell’impianto urbano risulta fortemente avvicinabile alle esperienze magnogreche, la sua rigorosa orientazione secondo i punti cardinali presuppone un’impostazione diversa, tipicamente etrusca, e volta a costituire la città come una proiezione terrestre dell’ordine celeste; il templum. A questo va aggiunta la presenza sull’acropoli di strutture architettoniche che possono essere interpretate come sede di un rito funzionale alla fondazione della città e al tracciamento delle sue infrastrutture. Sulla base di queste osservazioni è stato possibile ricostruire in maniere puntuale lo svolgimento del rituale di fondazione; la forma urbana di Kainua-Marzabotto corrisponde infatti alla figura che collega i punti estremi delle albe e dei tramonti del sole al solstizio d’inverno e d’estate. Nel corso del rito in questi punti vennero deposti dei cippi, iscritti con una croce e orientati secondo i punti cardinali (decussis); quello principale, risulta visibile ancora oggi sul campo, al centro esatto dell'antica città.