Da luglio 2019 ad agosto 2024 il Collegio Superiore è stato diretto dalla fisica Beatrice Fraboni.
Luca Ciotti
Da ottobre 2012 a luglio 2019 il Collegio Superiore è stato diretto dall'astrofisico Luca Ciotti.
Grazie al suo impegno, e con il fondamentale sostegno e indirizzo politico dei Magnifici Rettori prof. Ivano Dionigi e prof. Francesco Ubertini (dal 1° novembre 2015), ha avviato una prima revisione del Regolamento del Collegio Superiore per recepire le previsioni del Decreto ministeriale del 2013 (n. 338) riguardante l’Accreditamento delle Scuole e dei Collegi Superiori istituiti dalle Università. Ha implementato l’ informatizzazione dei principali processi e servizi del Collegio Superiori (carriere degli studenti, prove di ammissione, programmazione didattica). Sotto la sua direzione sono stati istituiti due bandi ricorrenti rivolti ai docenti dell’Ateneo: uno per l’inserimento nell’Albo dei Tutor e uno per formulare proposte di attività didattica dedicata del Collegio.
Paolo Leonardi
Dal 2006 al 2012 il Collegio è diretto dal filosofo Paolo Leonardi, Direttore del Collegio e dell'Istituto di Studi Superiori. Grazie alla sua perseveranza, con l'importante appoggio del Magnifico Rettore Ivano Dionigi, l'ISS entra nel nuovo Statuto d'Ateneo del 2012. Nell'articolo 26, comma 2, il Collegio è descritto come "lo strumento per valorizzare il merito degli studenti nei tre cicli di studio" e per offrire "percorsi formativi di alta qualificazione e valenza interdisciplinare, complementari a quelli offerti dalle strutture".
Dario Braga
Dal 2001 al 2006 è stato Direttore del Collegio il chimico Dario Braga che, con l’appoggio del Rettore Pier Ugo Calzolari, ha definito la sede del Collegio e ne ha riorganizzato la didattica, offrendo ai collegiali l'integrazione formativa dei loro percorsi di studi con i corsi curriculari e seminariali, ha definito la figura del Tutor, ha sviluppato l’accreditamento del Collegio all’interno e all’esterno dell’Ateneo, ha avviato un’integrazione del Collegio con le altre strutture d’eccellenza dell’Alma Mater Studiorum, in particolare con l’Istituto di Studi Avanzati.
Andrea Battistini
Dalla fondazione nel 1998 al 2001 è stato Direttore del Collegio l’italianista Andrea Battistini, che ha avviato l'attività del Collegio dandogli quella impostazione interdisciplinare che lo caratterizza oggi.
Hanno presieduto le Commissioni di selezione: Matteo Cerri (2023, I e II ciclo) Giovanni Perini (2022, I e II ciclo), Matteo Cerri (2021, I e II ciclo), Federico Boscherini (2020, I ciclo), Laura Sartori (2020, I e II ciclo), Armando Bazzani (2019, II ciclo), Claudia Tubertini (2019, I ciclo), Maria Laura Bolognesi (2018, I ciclo), Armando Bazzani (2018, II ciclo), Tiziana Lazzari (2017, I ciclo), Maria Laura Bolognesi (2017, II ciclo), Giovanni Perini (2013, 2014, 2015, 2016), Simone Martini (2011, 2012), Giovanni Perini (2010), Giovanni Geraci (2007, 2008, 2009), Antonio Contestabile (2005, 2006), Paolo Leonardi (2002, 2003, 2004), Dario Braga (2001), Paolo Pombeni (1999, 2000), Antonio Faeti (1998).