Da luglio 2019 ad agosto 2024 il Collegio Superiore è stato diretto dalla fisica Beatrice Fraboni.
Luca Ciotti
Da ottobre 2012 a luglio 2019 il Collegio Superiore è stato diretto dall'astrofisico Luca Ciotti.
Grazie al suo impegno, e con il fondamentale sostegno e indirizzo politico dei Magnifici Rettori prof. Ivano Dionigi e prof. Francesco Ubertini (dal 1° novembre 2015), ha avviato una prima revisione del Regolamento del Collegio Superiore per recepire le previsioni del Decreto ministeriale del 2013 (n. 338) riguardante l’Accreditamento delle Scuole e dei Collegi Superiori istituiti dalle Università. Ha implementato l’ informatizzazione dei principali processi e servizi del Collegio Superiori (carriere degli studenti, prove di ammissione, programmazione didattica). Sotto la sua direzione sono stati istituiti due bandi ricorrenti rivolti ai docenti dell’Ateneo: uno per l’inserimento nell’Albo dei Tutor e uno per formulare proposte di attività didattica dedicata del Collegio.
Paolo Leonardi
Dal 2006 al 2012 il Collegio è diretto dal filosofo Paolo Leonardi, Direttore del Collegio e dell'Istituto di Studi Superiori. Grazie alla sua perseveranza, con l'importante appoggio del Magnifico Rettore Ivano Dionigi, l'ISS entra nel nuovo Statuto d'Ateneo del 2012. Nell'articolo 26, comma 2, il Collegio è descritto come "lo strumento per valorizzare il merito degli studenti nei tre cicli di studio" e per offrire "percorsi formativi di alta qualificazione e valenza interdisciplinare, complementari a quelli offerti dalle strutture".
Dario Braga
Dal 2001 al 2006 è stato Direttore del Collegio il chimico Dario Braga che, con l’appoggio del Rettore Pier Ugo Calzolari, ha definito la sede del Collegio e ne ha riorganizzato la didattica, offrendo ai collegiali l'integrazione formativa dei loro percorsi di studi con i corsi curriculari e seminariali, ha definito la figura del Tutor, ha sviluppato l’accreditamento del Collegio all’interno e all’esterno dell’Ateneo, ha avviato un’integrazione del Collegio con le altre strutture d’eccellenza dell’Alma Mater Studiorum, in particolare con l’Istituto di Studi Avanzati.
Andrea Battistini
Dalla fondazione nel 1998 al 2001 è stato Direttore del Collegio l’italianista Andrea Battistini, che ha avviato l'attività del Collegio dandogli quella impostazione interdisciplinare che lo caratterizza oggi.