Le sue origini si possono fare risalire al 1690, con la creazione dell’Accademia degli Inquieti ad opera di Eustachio Manfredi. La decisione di dedicarsi alle scienze fisiche, alla matematica, alla medicina, alla fisica, alla chimica, alle scienze naturali, verrà riconfermata da Luigi Ferdinando Marsili quando l’Accademia sarà accolta nel 1711 nell’Istituto delle Scienze. Nel XVIII secolo l’Accademia sarà annoverata tra le più importanti Accademie Europee per la qualità dei suoi scienziati tra i più insigni del mondo. Si ricordano tra i suoi soci Luigi Galvani, Alessandro Volta, Laura Bassi, Michail Lomonosov, Anders Celsius, Georges Louis Leclerc Buffon e tanti grandi della scienza italiana ed europea.
Nell’Ottocento dopo una iniziale decadenza dovuta al periodo napoleonico l’Accademia attraverso suoi studi di medicina, scienza, matematica, diviene il centro di ricerca più attivo in ambito bolognese nel quale i futuri maestri dell’Università presentano le loro ultime scoperte, così troviamo tra i suoi soci Luigi Calori, Antonio Alessandrini, Giovanni Brugnoli, Francesco Rizzoli nelle scienze biomediche, Luigi Cremona, Eugenio Beltrami e Ferdinando Paolo Ruffini nella matematica, Augusto Righi e Silvestro Gherardi nella fisica. Agli inizi del 900 l’Accademia annovera soci di riguardo internazionale come Marie Curie, Albert Einstein e Guglielmo Marconi.
Il periodo fascista e la seconda guerra mondiale provocheranno effetti disastrosi in quasi tutte le accademie del nord Italia, l’Accademia delle scienze con la sua classe di scienze fisiche farà di tutto nel dopoguerra per ricomporre faticosamente la sua antica fama.
Attualmente la Classe di Scienze Fisiche può vantare vasti settori di eccellenza nei quali spiccano le conferenze, sulle più importanti novità della medicina, della chimica, dell'ingegneria, della fisica, e della biologia.