B1189 - RETI CHIMICHE NELLE PROTEINE

Conoscenze e abilità da conseguire

Al termine del seminario lo studente avrà compreso i principi fondamentali alla base della comunicazione (allosterica) che avviene attraverso fenomeni chimico-fisici all'interno dei sistemi proteici. Tale comprensione implica l'acquisizione di conoscenze di base sulla struttura e la dinamica delle proteine, sul concetto di comunicazione allosterica, sui metodi computazionali utilizzati per comprendere i sistemi proteici e sulla teoria dei grafi funzionale all'analisi di tali sistemi complessi.  

Programma/Contenuti

Il seminario avrà come oggetto le seguenti tematiche:

• struttura e dinamica delle proteine e caratterizzazione sperimentale
• allosteria nelle proteine
• metodi computazionali per simulazioni "classiche" di sistemi proteici
• fondamenti della teoria dei grafi e nomenclatura
  

La descrizione delle tecniche principali per l'analisi delle reti di comunicazione chimica in proteine avverrà tramite illustrazione delle applicazioni su sistemi modello (enzimi allosterici) e proteine di grande rilevanza biologica (complessi proteine/DNA e/o RNA tipo CRISPR-Cas9 e Spliceosoma). 

Testi/Bibliografia

Le diapositive e il materiale presentato a lezione saranno disponibili agli studenti e alle studentesse.

Sono poi suggeriti i seguenti testi di supporto e approfondimento:

David Whitford - Proteins: Structure and Function (2005, John Wiley & Sons) (136553319)

Daan Frenkel, Berend Smit - Understanding molecular simulation: from algorithms to applications (2002, Academic Press)

Di Paola, L.; Giuliani, A. Allostery: Methods and Protocols. Springer: 2021; Vol. 2253.

Metodi didattici

Lezioni frontali utilizzando lavagna elettronica con videoproiettore e slides.

Modalità di verifica dell'apprendimento

La prova di idoneità consiste in un incontro (eventualmente collettivo) successivo alla fine del seminario in cui ogni studente dovrà discutere un approfondimento critico nella forma di una tesina o una presentazione power point che potrà essere individuale o di gruppo purché sia chiaramente identificabile il contributo del singolo, da concordare con il docente. In caso siano previste attività di laboratorio, potrà essere presentato in alternativa un elaborato o manufatto che attesti le attività svolte.

Strumenti a supporto della didattica

Lavagna elettronica con videoproiettore e proiezione di slides.

Orario di ricevimento

Consulta il sito web di Ivan Rivalta