Anno Accademico 2024/2025
Docente Emanuele Paci
Crediti formativi 4
SSD FIS/07
Lingua di insegnamento Inglese
Moduli Emanuele Paci (Modulo 1) , Ivan Rivalta (Modulo 2) , Matteo Masetti (Modulo 3)
Il corso mira a fornire un quadro olistico delle proteine, che sono fondamentali in tutti i processi biologici e trasformano le informazioni contenute nel DNA in funzione. Coprirà concetti di fisica fondamentale della materia soffice, bioinformatica, funzione proteica, ingegneria proteica e sviluppo terapeutico
Il corso è sviluppato in tre moduli che coprono in modo esaustivo le proprietà delle molecole che trasformano le informazioni genetiche in vita e riflettono la ricerca attuale in cui i tre docenti sono attori attivi. I tre moduli riflettono il diverso background dei docenti che collegheranno la fisica fondamentale all'ingegneria, alla biochimica e alla farmacologia.
1° modulo:
Proprietà statistiche dei biopolimeri nel contesto della fisica della materia soffice, sequenze proteiche, relazione sequenza-struttura-funzione, ripiegamento proteico, determinazione della struttura proteica, previsione della struttura proteica, proteine intrinsecamente disordinate.
2° modulo:
Introduzione alla struttura chimica delle proteine. Relazioni tra struttura e funzioni delle proteine. Introduzione alla teoria dei grafi. Applicazione della teoria dei grafi ai sistemi proteici. Allosteria e caso di studio: enzima allosterico.
3°modulo:
Panoramica delle interazioni proteina-ligando. Termodinamica del legame non covalente. Cinetica del legame non covalente. Metodi per valutare e prevedere il legame proteico. Applicazioni nella scoperta di farmaci.
Ptitsyn O; Finkelstein A: Protein Physics (2016, Academic Press) https://doi.org/10.1016/B978-0-12-809676-5.00001-6
Bahar I; Jernigan RL; Dill KA: Prtein Actions (2017, Garland)
Whitford D- Proteins: Structure and Function (2005, John Wiley & Sons) (136553319)
Frenkel D; Smit B - Understanding molecular simulation: from algorithms to applications (2002, Academic Press)
Lezioni ed esercitazioni
""La prova d’esame consiste nella discussione di un approfondimento critico nella forma di una tesina o presentazione PowerPoint (almeno 3000 parole o 12 slides) che potrà essere individuale o di gruppo purché sia chiaramente identificabile il contributo del singolo, da concordare con uno dei docenti, in accordo con il docente titolare del corso. La prova d’esame si dovrà sostenere nella stessa lingua d’insegnamento del corso""
Le diapositive e il materiale presentato a lezione saranno disponibili agli studenti e alle studentesse.
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