La primera serie de Puente@Europa se publicó entre 2003 y 2004. De formato reducido, constituyó un aprendizaje del trabajo editorial y gráfico. Inspirada en temas de integración y cooperación entre Europa y América Latina, la revista estaba dividida en dos secciones (En el camino, con entrevistas, e Instrumentos de análisis, con artículos). Los números de la revista todavía no eran todavía temáticos, ni se encontraban disponible en línea.
Entre 2005 y 2007, la revista acompañó la creación y el desarrollo del Observatorio de las Relaciones Unión Europea-América Latina (OBREAL), un proyecto financiado por la Comisión Europea. OBREAL brindó un espacio de elaboración teórica para los temas de interés de la red. En este período se impuso la tradición de elaborar números temáticos y bilingües (español e inglés).
Con el fin del financiamiento europeo a OBREAL, durante 2008, la revista se encaminó a “cruzar el desierto”: se redujo su publicación a un sólo número anual en castellano. La edición del 2008 fue presentada como número especial en ocasión de los diez años de la Representación de la Universidad de Bologna en Buenos Aires.
La edición del 2009, dedicada a los treinta años de la primera elección por sufragio universal del Parlamento Europeo, inauguró la serie de publicaciones de Puente@Europa en el marco del Centro de Excelencia Jean Monnet. A partir del 2010, la revista adoptó un formato semestral, manteniendo la tradición de los números temáticos y su edición en castellano.
A partir del número 1 de julio 2011, y debido a la profunda crisis por la que atravesaba Europa, se modificó la segunda sección de la revista, y se creó una sección denominada Archivos del futuro, para poder así incorporar documentos emblemáticos del debate contemporáneo.
Con la clausura del Centro de Excelencia Jean Monnet, en 2014, la publicación de Puente@Europa fue suspendida.