Dopo il 1927 le ricerche archeologiche italiane continuano presso il sito di Butrinto fino allo scoppio della Seconda Guerra Mondiale. Con la fine della guerra fino al 1995 le ricerche archeologiche nei due siti furono interamente condotte dagli archeologi albanesi.
La Missione Archeologica Italiana in Albania (scavi di Butrinto) fu guidata, dopo la morte di Ugolini nel 1936, da Pirro Marconi, Domenico Mustilli e da Pellegrino Claudio Sestieri, fino alle soglie della Seconda Guerra Mondiale.
Il nuovo scenario prodotto dalla guerra ha condotto all’isolamento dell’Albania e all’interruzione delle convenzioni di ricerca con gli altri Paesi: è per questo che nella seconda metà del 1900 si registrano solo interventi di alcuni archeologi albanesi nella pianura sottostante la collina di Phoinike, dal momento che il sito era stato trasformato in base militare.
Dhimosten Budina negli anni ’80 è intervenuto nel villaggio di Finiq, individuando alcune tombe particolarmente ricche, e poi mettendo a punto la prima “carta archeologica” del territorio di Phoinike. Negli anni ’90 poi anche Astrit Nanaj iniziava le ricerche nella necropoli meridionale.
Sul campo operarono anche Kosta Lako e Dimither Çondi.
Nel 2000, grazie ad una nuova Convenzione tra l’Istituto Archeologico albanese di Tirana, guidato da Muzafer Korkuti, e l’Università di Bologna, e col sostegno del Ministero degli Affari Esteri della Repubblica Italiana una nuova Missione Archeologica tornerà ad operare sulla collina di Phoinike.